Mientras que los bebés se encuentran en el vientre de su madre, no tienen microbiota, es decir, no hay ninguna bacteria en su tubo digestivo.  El ambiente intrauterino es absolutamente estéril y no es hasta su nacimiento que el cuerpo del bebé recibe sus primeras bacterias para comenzar a formar su microbiota. Estas bacterias se obtienen desde el instante del nacimiento, cuando el niño pasa por el canal de parto.

Si el bebé nace por cesárea, su microbiota será ligeramente distinta que si hubiera nacido por parto natural. Esto se debe a que el momento en que el bebé adquiere los microorganismos de su madre es justo cuando se rompe la membrana fetal. Los bebés que nacen por cesárea tardan más en exponerse a las bacterias de su madre. Esto no es necesariamente negativo, pero sí retrasa el modo de colonización de las bacterias de su aparato digestivo. Por ejemplo, las bifidobacterias (las cuales provienen principalmente del tubo digestivo y de la microbiana vaginal de la madre) se tardarán más en formar colonias, pero mientras se inicie adecuadamente la lactancia materna no deberá de ocasionar ningún problema.

A partir del nacimiento, todo contacto con el mundo irá dotando de bacterias nuevas al recién nacido. Las más importantes vendrán de la leche de su madre y del contacto con su piel. Si el bebé es alimentado únicamente con fórmula para infantes su microbiota podría ver afectado su equilibrio y diversidad.

Sin embargo, aunque el tipo de alumbramiento y de alimentación que recibimos al inicio de la vida puede resultar determinante para nuestra salud, no es definitivo ni irreversible. Dependiendo de nuestros hábitos alimenticios y estilo de vida, todos podemos modificar la composición de nuestras microbiota en cualquier etapa de la vida. Consumir alimentos que proporcionen probióticos, como los lácteos fermentados, es una buena forma de alcanzar y mantener la salud de nuestras bacterias intestinales.